Keberadaan Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan diharapkan dapat membantu program studi lain yang ada di FIKP dalam memahami, mengeksplorasi dan memanfaatkan sumberdaya perikanan kelautan berbasis pemberdayaan masyarakat pesisir pulau-pulau kecil. Pengetahuan terhadap kondisi dan budaya lokal masyarakat setempat ini, akan sangat membantu prodi MSP dan IKL dalam melakukan langkah konservasi terhadap sumberdaya perikanan kelautan dengan melibatkan masyarakat untuk ikut serta mengelola dan menjaga kelestarian alam. Disamping itu, pengetahuan terhadap kondisi sosial masyarakat juga membantu prodi BDP dan THP dalam menyampaikan inovasi budidaya, dan memasarkan produk perikanan beserta turunannya. Di sisi lain, pengembangan kewirausahaan tidak bisa terlepas dari hasil pengembangan IPTEKS yang dilakukan oleh prodi lain terhadap berbagai sumberdaya perikanan kelautan. Masifnya pemberitaan mengenai ekowisata merupakan salah satu contoh kajian yang melibatkan perpaduan keilmuan antara IKL, MSP, BDP, THP dan SEP.
Keunggulan Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan terletak pada penguasaan aspek sosial dan ekonomi masyarakat pesisir pulau-pulau kecil. Masyarakat pesisir tidak hanya berarti nelayan, namun juga mencakup pembudidaya, pengolah bahkan pedagang ikan. Penguasaan terhadap kondisi sosial ekonomi perikanan dapat memberikan sudut pandang yang berbeda dari sisi masyarakat pesisir terhadap suatu permasalahan. Sudut pandang ini yang diharapkan mampu menghasilkan kebijakan dan program kerja yang lebih manusiawi dan mengedepankan kepentingan bersama. Disamping itu, keberadaan program studi ini diharapkan juga mampu menumbuhkembangkan jiwa kewirausahaan yang lahir sesuai dengan kondisi sosial dan kepentingan masyarakat pesisir pulau-pulau kecil.
Sedangkan karateristik program studi ini terletak pada kemampuannya untuk bersifat adaptive terhadap masyarakat pesisir pulau-pulau kecil. Hal ini perlu dimiliki oleh Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan mengingat subjek utama dalam program studi ini adalah masyarakat pesisir. Karakteristik lainnya adalah kemampuannya dalam memahami potensi yang ada di masyarakat pulau-pulau kecil, baik potensi yang bersifat positif maupun negatif seperti konflik. Potensi tersebut sesungguhnya dapat menjadi modal sosial bagi masyarakat dalam mengembangkan dan memberdayakan dirinya.